الكائنات الحية الدقيقة هي مجموعة واسعة من الأحياء التي لا تُرى بالعين المجردة إلّا أن هناك شواذ لهذه القاعدة فالبعض منها يمكن رؤيته بالعين المجردة. العلم الذي يختص بدراسة الكائنات الحية الدقيقة يسمى علم الأحياء الدقيقة. الكائنات الدقيقة تشمل البكتيريا والفطريات والطحالب والأولية ولكنها لا تشمل الفيروسات
الفطريات
الفِطريات كائنات حية واسعة الانتشار، تضم ما يزيد عن (100) ألف نوع لذلك وضعت ضمن مملكة مستقلة بحد ذاتها تسمى مملكة الفطريات وتعتبر الفطريات من الكائنات حقيقية النواة، فهي تمتلك نظام غشائي داخلي يحيط بالنواة والعضيات السيتوبلازمية الأخرى، كما أن لها جدار خلوي يتكون من كميات من السكريات المتعددة السيليلوزوالكايتين، والفطريات من الكائنات الحية غير ذاتية التغذية حيث تعتمد على غيرها من الأحياء للحصول على احتياجاتها الغذائية، وتتباين الفطريات من حيث الحجم والمعيشة والشكل، فهي تعيش أما معيشة متكافلة، أو معيشة مترممة ، وبعضها تعيش معيشة متطفلة أما من حيث الشكل فمنها ما يكون وحيدة الخلية كالخمائر والتي قد تكون بيضاوية أو كروية، ومنها ما يكون متعددة الخلايا كالأعفان أما من حيث الحجم فمنها كبير يرى بالعين المجردة مثل فطريات عيش الغراب ومعظمها صغيرة الحجم لا ترى إلا بالمجهر
البكتيريا
كائنات حية بِدائية النواة، ومِجهرية إذ لا تُرى بالعين المجردة، حيث تتكون من تَركيب داخلي بسيط أُحادي الخلية، ويُمكنها العيش في أماكن وبيئات مُختلفة كالتُّربة، والمُحيطات، وداخل أجسام الكائنات الحية، وتتكاثر البكتيريا بالانقسام الثُنائي، حيث تَقوم الخلية الواحدة بعمل نُسخة من حِمضها النووي، ويزداد حجمها عن طريق مُضاعفة محتوى الخلية، وهناك أنواع من البكتيريا تتكاثر عن طريق التبرعُم الحلزونيات هي نوع من أنوع البكتيريا شكلُها حلزونيّ، والعديد منها تكون صلبة، لكنها قادرة على الحركة، وتندرج أسفلها مجموعة مُميزة من البكتيريا تُسمى المُلتوية ، وتكون طويلة، ونحيلة، وليّنة. المُكورات هي نوع من أنواع البكتيريا، لها عِدّة أشكال، مثل المُكورات العُنقودية التي تضمّ أكثر من أربعين نوعاً، والعديد من هذه الأنواع يعيش بشكل مُتكافل في التربة والبشرة، حيث إنها غير ضارة. العصيات هي بكتيريا ذات صبغة غرام موجبة، تكون عَصوية الشكل، يُمكن أن تكون هوائية أو لاهوائية، تتواجد على نحو واسع في الماء والتربة، قد تُسبب بعضها ضرراً للإنسان، والنبات، وباقي الكائنات
الفيروسات
الفيروسات صغيرة جدًا ولا يمكن مشاهدتها بالمجهر الضوئي. تصيب الفيروسات جميع أنواع الكائنات الحية، من الحيوانات والنباتات اٍلى البكتيريا والعتائق. على الرغم من أن هناك الملايين من الأنواع المختلفة، لم يتم وصف إلا حوالي 5.000 من الفيروسات بالتفصيل، وذلك منذ الاٍكتشاف الأولي لفيروس تبرقش التبغ من قبل مارتينوس بيجيرينك عام 1898. الفيروسات موجودة تقريبًا في كل النظم الإيكولوجية على الأرض، وتعتبر هذه الهياكل الدقيقة الكيان البيولوجي الأكثر وفرة في الطبيعة يتمتع البشر والحيوانات بدفاعات طبيعية ضد الفيروسات، فالحمى مثلًا هي إحدى الطرق المهمة التي يحارب بها جسم الإنسان الفيروسات، حيث تحدث الحمى عندما ترتفع درجة حرارة الجسم فتسبب الحمى خمول بعض الفيروسات. كما يحارب جهاز المناعة في الجسم الفيروسات وينتج خلايا الدَّم البيضاء ومواد تسمى الأجسام المضادة لمهاجمة الفيروسات. بعد أن تهاجم هذه الخلايا والأجسام المضادة الفيروس، فإنها تبقى في الجسم وهذا ما يمنع الإصابة المستقبلية بنفس الفيروس